Lê Phi Phi tốt nghiệp khoa piano và chỉ huy tại Nhạc viện Hà Nội năm 1986, sau đó tiếp tục theo học ở Nhạc viện Tchaikovsky dưới sự giảng dạy của giáo sư Leonid Vladimirovich Nikolaev.[8] Sau khi tốt nghiệp, ông làm nhạc trưởng thường trực của Dàn nhạc Macedonia và là giáo sư của Trung tâm Nhạc vũ kịch "Ilija Nikolovski-Luj" tại Macedonia.[2]

Từ năm 1995, Lê Phi Phi bắt đầu về Việt Nam thực hiện nhiều chương trình hòa nhạc. Ông đóng vai trò là cầu nối giữa các nghệ sĩ Việt kiều với các đơn vị biểu diễn trong nước.[9] Phi Phi thường xuyên hợp tác với các nghệ sĩ đáng chú ý tại Việt Nam như: Đặng Thái Sơn, Bích Trà, Bùi Công Duy, Thanh Lam, Hồng Nhung, Tùng Dương.[10] Tháng 1 năm 2005, Lê Phi Phi được bầu chọn là một trong những kiều bào "Vinh danh nước Việt", một chương trình do Báo Điện tử Vietnamnet tổ chức.[8] Sau khi trở về Việt Nam từ năm 2009, Lê Phi Phi hoạt động tích cực cùng các dàn nhạc lớn khắp Việt Nam như Dàn nhạc Giao hưởng quốc gia, dàn nhạc của Nhà hát Nhạc vũ kịch thành phố Hồ Chí Minh, Nhà hát Nhạc vũ kịch Việt Nam và Dàn nhạc Giao hưởng Hà Nội.[11] Từ mùa diễn năm 2007 đến năm 2012, Lê Phi Phi được mời làm chỉ huy trưởng thường trực của Dàn nhạc giao hưởng thành phố Niš tại Serbia.[12]

Đầu năm 2014, Lê Phi Phi chỉ huy đêm nhạc của hai nghệ sĩ vĩ cầm trẻ Macedonia là Eva Bogoevska và Vuchidolova trong đêm nhạc "Sounds from Macedonia" đánh dấu sự trở về của ông sau khoảng thời gian không ở trong nước.[10] Tháng 8 cùng năm, trong khuôn khổ hòa nhạc "Giai điệu Thắp sáng niềm tin" với chủ đề Bản Tango mùa Thu tại Hà Nội và Thành phố Hồ Chí Minh, Lê Phi Phi cùng vợ là nghệ sĩ vĩ cầm Lidija Dobrevska tham gia chương trình với mục đích gây quỹ học bổng cho học sinh nghèo.[13]

Tháng 8 năm 2015, Lê Phi Phi tiếp tục cùng vợ tham gia chương trình hòa nhạc định kỳ lần thứ 82 của Dàn nhạc giao hưởng quốc gia Việt Nam tại Nhà hát lớn Hà Nội.[14] Cũng trong năm đó, khi nhạc sĩ Hoàng Vân lâm bệnh nặng, Lê Phi Phi đã về nước và ở bên cạnh chăm sóc cha mình.[15] Tháng 8 năm 2016, lần đầu ông dựng lại ca khúc của cha mình "Quảng Bình quê ta ơi" theo phong cách nhạc giao hưởng trong đêm nhạc đầu tháng.[16] Sau đó, Phi Phi tiếp tục tham gia chương trình Hòa nhạc đặc biệt cùng Dàn nhạc giao hưởng Hà Nội hướng đến lễ kỷ niệm 60 năm thành lập Học viện âm nhạc Quốc gia Việt Nam.[17] Năm 2017, Lê Phi Phi phối hợp với ban thành lập Quỹ học bổng Thắp sáng niềm tin tổ chức buổi hòa nhạc đặc biệt lần thứ 3 với chủ đề "Giai điệu mùa hè" nhân dịp kỷ niệm 10 năm thành lập Quỹ.[18]

Năm 2019, trong "Đêm nhạc Beethoven" do Nhà hát Giao hưởng nhạc vũ kịch Thành phố Hồ Chí Minh hợp tác với Hội Nạn nhân chất độc da cam/đioxin Việt Nam tổ chức biểu diễn, 2 tác phẩm chính trong đêm diễn này là bản Concerto tam tấu dành cho violin, cello và piano của nhà soạn nhạc Beethoven và Giao hưởng thơ "Thành đồng Tổ quốc" của Hoàng Vân.[19] Năm 2021, trước diễn biến phức tạp của đại dịch Covid-19 nên Lê Phi Phi đã không về được Việt Nam để chỉ huy dàn nhạc.[20] Tuy vậy, thông qua Internet, ông đã chỉ huy trực tuyến cùng nhạc trưởng Trần Vương Thạch ở thành phố Hồ Chí Minh với các nghệ sĩ không ở cùng một địa điểm trong chương trình "Chia sẻ để gần nhau hơn" phát trực tiếp tối ngày 27 tháng 6 năm 2021. Chương trình này đã thu hút hơn 10 triệu lượt xem.[20] Đây cũng là buổi hòa nhạc quốc tế đầu tiên của Lê Phi Phi sau khi khỏi Covid-19.[21]

Tháng 8 năm 2022, Lê Phi Phi trở về Việt Nam gặp mẹ và luyện tập cho các ca sĩ cùng Dàn nhạc giao hưởng Việt Nam để trình diễn trong chương trình "Điều còn mãi" sau 2 năm bị gián đoạn. Không chỉ là nhạc trưởng, chỉ huy suốt 2 giờ trong buổi trình diễn này, Lê Phi Phi còn tham gia vào ban cố vấn với các vai trò như lựa chọn tác phẩm, chọn nghệ sĩ tham gia chương trình, cách làm mới và thêm mục tiêu đưa âm nhạc giao hưởng đến gần với công chúng, nâng cao trình độ cảm thụ âm nhạc hàn lâm của người Việt.[22]

Tuy sống và làm việc ở Macedonia nhưng nhiều năm qua, Lê Phi Phi luôn trở về Việt Nam để tham gia chương trình hòa nhạc "Điều còn mãi" do báo VietNamNet tổ chức vào ngày 2 tháng 9 hàng năm,[23] đồng thời tên tuổi của ông cũng gắn liền với sự kiện hòa nhạc thường niên này.[24][25] Hiện nay, ông tham giảng dạy ở Học viện Âm nhạc Quốc gia Macedonia, hợp tác làm chương trình với các dàn nhạc, nhà hát tại Macedonia và các quốc gia khác.[26] Tại Học viện âm nhạc và múa quốc gia Ilia Nikolovski-Luj, Lê Phi Phi giảng dạy bộ môn dàn nhạc. Nếu có tiết dạy, ông sẽ đạp xe 4 km dọc bờ sông vào trung tâm thành phố hoặc đi bộ đến trường những hôm trời mưa, tuyết. Nếu không có giờ lên lớp, ông sẽ chuẩn bị cho các đêm diễn ở Bắc Macedonia hoặc các quốc gia khác.[27]